પ્રારંભિક સમયમાં પાલનપુર જૈન ગ્રંથોમાં ઉલ્લેખિત છે. તેના સ્થાપક પ્રહલાદન દેવ હતા આથી પ્રહલાદનપુરા તરીકે ઓળખાતું હોવાનું કહેવાય છે. તે ફરીથી પાલનસિંહ ચૌહાણ દ્વારા જીતવામાં આવે છે અને ૧૪ મી શતાબ્દીથી તેને પાલનપુર તરીકે ઓળખવામાં આવે છે. અન્ય લોકો વાયકા મુજબ તેની સ્થાપના પાલ પરમાર દ્વારા કરવામાં આવી હતી જેમના ભાઈ જગદેવે નજીકના જગાણા ગામની સ્થાપના કરી હતી.

જૈનધર્મના ગ્રંથોમાં ઉલ્લેખ છે કે આબુના પરમાર ધારા વર્ષના ભાઈ પ્રહલાદને ૧૨૧૮માં પ્રહલાદન પુરની સ્થાપના કરી અને પલ્લ્વીય પાશ્વઁનાથને સમર્પિત પ્રહલાદન-વિહાર બનાવ્યો.

૧૩ મી સદીની આસપાસ ચૌહાણો દ્વારા આ શહેર પર ફરીથી લોકોનું શાસન હતું. અને તે સમયમાં રાજસ્થાનથી પાલનસિંહ ચૌહાણો પાલનપુરમાં વસવાટ કર્યો અને સ્થાયી થયા.

૧૭ મી સદીની શરૂઆતમાં, પાલનપુર રાજ્ય પખ્તુન લોહાની જાતિના ઝાલોરી વંશ દ્વારા લેવામાં આવ્યું હતું જેની સ્થાપના ૧૩૭૩માં થઈ હતી અને જાલોર (રાજસ્થાન) થી શાસન કર્યું હતું

૧૮ મી સદીની શરૂઆતમાં મુઘલ બાદશાહ ઔરંગઝેબ ના નિધન બાદ અસ્થિરતાના સમયગાળા દરમિયાન રાજવંશ ઐતિહાસિક મહત્વમાં આવ્યો. તે પછી તરત જ મરાઠાઓ દ્વારા તેને હરાવી દેવામાં આવ્યો. લોહાનીઓએ તેમની સામે બ્રિટિશ ઇસ્ટ ઇન્ડિયા કંપનીમાં આશ્રય મેળવવાના વલણને અનુસર્યું અને છેવટે ૧૮૧૭માં અન્ય તમામ પડોશી રાજ્યો સાથે મળીને પેટા કંપની જોડાણ પ્રણાલીમાં પ્રવેશ કર્યો, અને બ્રિટિશ સરંક્ષણ બન્યા.

૧૯૪૭માં ભારતની આઝાદી પછી, પાલનપુર રાજ્ય ૧૯૪૯માં વિખોરી નાખવામાં આવ્યું અને બોમ્બે રાજ્યના ભાગ રૂપે ભારત સંઘમાં ભળી ગયું ત્યારબાદ પાલનપુર ગુજરાતના બનાસકાંઠા જીલ્લાની રાજધાની બન્યું.

પાલનપુર રિયાસત

પાલનપુર ગુજરાતની સૌથી મહત્વપૂર્ણ રિયાસતોમાંથી એક હતુ. આ રિયાસતની વિશેષતા એ હતી કે પાલનપુરની જે રિયાસતના નવાબ હતા તેઓ લોહાની પઠાણ હતા પરંતુ જે ડોમીનીયન કોમ્યુનીટી હતી તે પાલનપુરી જૈન કોમ્યુનીટી હતી.

જે ના ફક્ત ભારત પરંતુ આખી દુનિયામાં ડાયમંડ ટેડ કંટ્રોલ કરે છે. પાલનપુરના ઇતિહાસમાં જોવા મળ્યું છે કે, લોહની પઠાણ નવાબ અને પાલનપુરી જૈન ડાયમંડ વેપારીઓ વચ્ચે ૬૦૦ વર્ષ સુધી સારા સબંધ રહ્યા છે. અને જે હિન્દુ મુસ્લિમ એકતાનું ઉતમ ઉદાહરણ પુરું પાડે છે.